1996 erschien der Nachfolger des ersten Teils, Sid Meier’s Civilization II. Entwickelt wurde dieser von Brian Reynolds, der bereits zuvor maßgeblich an Colonization mitgewirkt hatte, sowie Douglas Caspian-Kaufman und Jeffery L. Briggs. Von Sid Meier stammt dagegen nur die Originalidee, an der Entwicklung des Nachfolgers war er jedoch nicht weiter beteiligt.

Wichtigste Neuerungen waren neben einer zeitgemäßeren Präsentation – verbesserte Grafik, mehr Musik, Videos – und einer stark verbesserten Bedienoberfläche diverse Detailänderungen am Spielprinzip. Diese umfassten etwa einen Ausbau des Kampfsystems um Trefferpunkte und Feuerstärke der Einheiten, erweiterte Diplomatie-Optionen, viele neue Einheiten, Technologien und Gebäude sowie kleinere Änderungen in fast allen anderen Bereichen. Civ 2 ist der einzige Teil der Reihe, in dem Schauspieler die Berater für die Bereiche Militär, Wissenschaft, Handel, Außenbeziehungen und soziales Wohlbefinden mimen und dem Spieler in spielzeitgemäßer Kleidung teilweise recht amüsant präsentierte Tipps geben.

Aufgrund dieses Feintunings, ohne das klassische Spielprinzip zu beschädigen, gilt Civ 2 bis heute bei vielen Fans der Serie als deren bester Teil. Unter erfahrenen Spielern wird jedoch eine Schwäche im Wirtschaftssystem kritisiert, deren schematische Ausnutzung einen leichten Sieg sogar auf der höchsten Schwierigkeitsstufe ermöglicht. Eine Produktionskonzentration auf Karawanen ermöglicht dabei eine Aushebelung der normalerweise zu wahrenden Balance zwischen Geldeinkommen, Forschung, Gebäudebau und Zufriedenheit, sodass der Spieler alle Bereiche zugleich in die Höhe treiben kann.