1957: Professor Henry „Indiana“ Jones Jr. wird zusammen mit seinem Kollegen Mac von sowjetischen Agenten unter der Leitung von Oberst Dovchenko und Irina Spalko entführt. Er soll für sie in einer Lagerhalle im Militärkomplex Area 51 nach einer Kiste mit den Überresten eines nichtmenschlichen Wesens suchen. Während Jones versucht, zu entkommen und zu verhindern, dass die Russen die Kiste entwenden können, stellt sich Mac als Kollaborateur heraus. Jones flüchtet vor den Agenten, denen es gelingt, die Kiste zu entwenden. Auf der Flucht findet er sich auf einem Atomtestgelände wieder und überlebt die Explosion nur knapp, indem er sich in einem mit Blei ausgekleideten Kühlschrank in Sicherheit bringt.

Aufgrund von Verdächtigungen seitens der US-Regierung, Indiana Jones sei ein Doppelagent, wird ihm seine Professur an der Universität entzogen. Daraufhin entscheidet er sich, die Stadt zu verlassen, wird aber von dem jungen Mutt Williams dazu bewogen, zu bleiben, da Professor Oxley, ein alter Freund von Jones, in Schwierigkeiten stecke. Mutt zeigt Indy einen verschlüsselten Brief von Oxley, der ihm durch seine Mutter übersendet wurde, die zusammen mit Oxley verschwunden ist. In dem Brief ist von einem Kristallschädel die Rede, von dem Indy und Oxley während ihrer Studienzeit geschwärmt hatten. Indiana Jones und Mutt machen sich auf den Weg nach Nazca (Peru), um den Spuren des Briefes nachzugehen.

In Peru besuchen die beiden Oxleys Zelle, wo dieser aufgrund geistiger Verwirrtheit eingesperrt worden war. Er befindet sich zwar nicht mehr in der Heilanstalt, aber sie erhalten durch seine Wandzeichnungen Aufschluss über seine Forschung über den Kristallschädel und wissen nun, wo sie suchen müssen.

Sie reisen weiter, um auf einem Friedhof nach dem Kristallschädel zu suchen. Nachdem sie einen Angriff von mit Schädeln maskierten „Eingeborenen“ abwehren konnten, finden sie schließlich den Schädel im Grab des Konquistadors Francisco de Orellana. Allerdings wurden sie auf ihrem Weg unbemerkt von Mac verfolgt, so dass sie vom russischem Militär gefangen genommen werden. In ihrem Lager im Amazonasgebiet im Nordosten Perus treffen Indy und Mutt auf den verwirrten Professor Oxley sowie auf Mutts Mutter – die sich als Marion Ravenwood, Indys alte Liebe, entpuppt.

Nachdem sich Indiana Jones einem Test mit dem Kristallschädel unterziehen musste, der es möglich macht, mit dem Schädel zu kommunizieren, gelingt es ihm, Mutt, Marion und Oxley aus dem Lager zu entkommen. Sie werden aber schnell wieder gefasst, da Indy und Marion in eine Sandgrube einbrechen. Im Angesicht des Todes offenbart Marion Indy, dass er Mutts Vater ist. Als Mutt zurückkommt, um Marion und Indy zu retten, kommt er statt mit einem Seil mit einer Schlange zurück. Marion wird herausgezogen, doch Jones weigert sich zunächst, die Schlange anzufassen, weil er Angst vor Schlangen hat, doch er überwindet seine Angst und wird herausgezogen. Plötzlich kommt das Russische Militär angerückt, weil der verwirrte Oxley dem Befehl Indys, „Hilfe“ zu holen, nachging.

Da der Kristallschädel zu seinem Herkunftsort, einer legendären Stadt aus purem Gold, zurückgebracht werden muss, bahnen sich die Russen mit ihren Gefangenen ihren Weg durch den Dschungel. Indy gelingt es schließlich, die Kontrolle zurückzugewinnen, und es beginnt ein Kampf im Zuge des Dschungel-Konvois, den Indiana Jones und seine Freunde für sich entscheiden können. Oberst Dovchenko wird im Dschungel von Riesenameisen getötet. Mac behauptet, als Doppelagent gearbeitet zu haben, und kämpft von nun an wieder an der Seite von Indiana Jones.

Als sie zum Tempel gehen wollen, werden sie von Eingeborenen angegriffen, können den Angriff jedoch abwehren, weil die Eingeborenen Angst vor dem Kristallschädel haben. Die Gruppe erreicht die legendäre Stadt und öffnet die Pforte zum Tempel, in den sie den Kristallschädel zurückbringen müssen. Sie wurden allerdings von den Russen verfolgt, da Mac doch ein Überläufer ist, nachdem er vorher behauptet hatte, Mitglied der CIA zu sein, und Peilsender auf dem Weg verteilt hat. Die Russen nehmen Indiana den Schädel wieder ab, um ihn selbst an seinen Platz zurückzubringen. Nun hat auch das letzte der dreizehn Kristallskelette, die in dem Tempel auf Thronen sitzen, seinen Schädel wieder, und die Schädel setzen ihre Kraft frei.

Die Wesen wollen aus Dank den Menschen etwas schenken, und Irina wünscht das gesamte Wissen der Welt. Doch als die Wesen ihr das Wissen direkt ins Gehirn speisen, erkennt Irina zu spät, dass sie die raue Menge weder geistig noch körperlich ertragen kann, und diese enorme Intensität verbrennt sie bei lebendigem Leibe. Der Tempel beginnt einzustürzen, und Irinas Männer und auch Mac, den Indy trotz des Verrats noch zu retten versucht, sterben in den Trümmern oder werden in das Portal der fremden Wesen gezogen. Indy und seine Freunde entkommen nur knapp und können beobachten, wie ein Raumschiff aus dem einstürzenden Tempel aufsteigt, verschwindet, das gesamte Tal einstürzt und mit Wasser geflutet wird.

Wieder zu Hause, erhält Indiana seine Stellung an der Universität zurück, und der Film endet mit der Hochzeit von Indy und Marion. Indys Hut rollt dabei Mutt vor die Füße, doch bevor er das Erbe seines Vaters antreten kann, nimmt dieser erstmal den Hut wieder an sich.

Quelle: WikiPedia DE