Zu Beginn des Films ziehen italienische Fischer einen bewusstlosen Mann aus dem Mittelmeer. Er hat keine Erinnerung an sein früheres Leben, dafür aber zwei Kugeln im Rücken – und unter der Haut ein Laserimplantat mit der Nummer eines Schweizer Bankschließfachs. Auf der Suche nach seiner Identität findet er in Zürich im Bankschließfach eine Waffe, ein halbes Dutzend gefälschter Reisepässe und Banknoten verschiedener Währungen in großen Mengen; im ersten Pass, den er aufschlägt, einem US-amerikanischen, steht der Name Jason Bourne.

Mit Hilfe der deutschen Weltenbummlerin Marie macht sich Jason auf den Weg nach Paris, wo er früher gearbeitet haben muss. Er merkt, dass er außergewöhnliche Nahkampf- und Monitoring-Fähigkeiten hat, die er früher sehr systematisch gelernt haben muss. Seine Concierge in Paris erkennt ihn sofort. Während er sich in seiner alten Wohnung umsieht, wird er von einem Killer überfallen. Dieser wird im Nahkampf von Jason zurückgeschlagen. Der Killer weigert sich, seine Auftraggeber preiszugeben und stürzt sich schließlich aus dem Fenster. Jason und Marie müssen fliehen und kommen sich auf der Flucht näher, während der CIA-Abteilungsleiter Alexander Conklin in den USA mit einem großen Agentenaufgebot auf die beiden Jagd macht.

Jason und Marie, inzwischen verliebt, fliehen zu ihrem Halbbruder aufs Land. Aber auch dort wird Jason von einem CIA-Killer aufgespürt, der sich „Der Professor“ nennt. Die beiden zum Töten ausgebildeten Männer liefern sich ein Duell in freier Natur, bei dem Jason den „Professor“ tötet. Er lässt Marie zurück und fährt alleine nach Paris zurück. Dort trifft er Conklin, der ihn ausschalten lassen will, was aber nicht gelingt.

Durch einige Informationen, die Conklin ihm gibt, erinnert sich Jason, dass er einen afrikanischen Ex-Diktator auf dessen Yacht im Mittelmeer töten sollte, es aber nicht übers Herz brachte, dies vor den Augen seiner Kinder zu tun, und flüchtete. Auf der Flucht trafen ihn zwei Kugeln, und er stürzte ins Wasser.

Die Erkenntnis, dass er ein Auftragsmörder der CIA mit der perfekt konstruierten Scheinidentität von Jason Bourne ist, trifft ihn hart. Er war Teil einer hochgeheimen Operation, des sogenannten Treadstone-Projekts.

Bourne schlägt Conklin bewusstlos und flieht. Kurz darauf folgt ihm Conklin, wird aber von einem anderen CIA-Killer liquidiert, da seine Vorgesetzten das Scheitern des Projekts „Treadstone“ vertuschen wollen.

Anschließend wird der für das Treadstone-Projekt zuständige Vorgesetzte der CIA vor ein Untersuchungskomitee geladen. Dort behauptet er, das Treadstone-Projekt sei ein Projekt zur Ausbildung neuer Agenten, das sich aus finanziellen Gründen nicht gelohnt habe. Das Untersuchungskomitee akzeptiert diese Lüge ohne weitere Fragen und geht zum nächsten Thema, dem Blackbriar-Programm, über. Das Blackbriar-Programm wird im dritten Teil – Das Bourne Ultimatum – aufgegriffen.

Marie ist inzwischen in Griechenland untergetaucht und betreibt eine Motorroller-Vermietung. Der Film endet damit, dass Jason eines Tages in ihrer Tür steht.

Quelle: WikiPedia DE