Die Handlung schließt unmittelbar an die Ereignisse von Die Bourne Verschwörung an. Jason Bourne will seine Vergangenheit als Geheimagent endgültig aufklären. Gleichzeitig will ihn die CIA immer noch ausschalten, da er aufgrund seiner Tätigkeit als so genannter Asset (Einsatzposten) ein Insiderwissen besitzt, mit dem er der Behörde schaden könnte – an seine Amnesie glaubt man nicht.
Um dem Geheimnis seiner Identität auf den Grund zu gehen, kontaktiert Bourne Simon Ross, einen Londoner Journalisten der Zeitung The Guardian, der Artikel über ihn schreibt. Während des Treffens mit Ross, bei dem Bourne dessen Quelle erfahren will, wird der Reporter mitten in der belebten Bahnhofshalle der Londoner Waterloo Station erschossen. Bourne erfährt jedoch zuvor, dass Operation Treadstone nicht beendet, sondern lediglich durch Operation Blackbriar ersetzt wurde, die quasi genauso agiert und als Treadstone-Update fungiert. Er schafft es außerdem, einige Dokumente an sich zu nehmen, die ihn zu einer Adresse in Madrid führen. Dort angekommen findet er das CIA-Safehouse leer und überstürzt verlassen vor. Er trifft Nicky Parsons, die nach Berlin ebendort stationiert wurde und die ihm aus Schuldgefühlen heraus hilft. Sie nennt ihm den Namen eines Mannes, den Bourne auf einem gefundenen Foto als inneren Mitarbeiter des Treadstone-Projekts erkennt: Neal Daniels. Sie sagt, dieser sei eigentlich auch in Madrid stationiert und sie wisse, wo er jetzt wahrscheinlich zu finden sei. So nehmen die beiden die Verfolgung auf.
Deputy Director Noah Vosen, der Operational Chief des Blackbriar-Programms, sieht sich aufgrund der Illegitimität von Blackbriar gezwungen, jeden Mitwisser zu eliminieren. Seine Leute finden ebenfalls heraus, dass es sich bei der Quelle des Reporters um Neal Daniels handelt, und auch dass sich dieser in Tanger befindet. Es wird ein Agent namens Desh Bouksani eingeschaltet, um sowohl Daniels als auch Parsons und Bourne auszuschalten. Der Agent schafft es aber nur, Daniels durch eine Bombe zu töten und wird nach einer Verfolgungsjagd über Tangers Dächern von Bourne umgebracht. Dieser trennt sich von Parsons und findet in den Hinterlassenschaften Daniels eine Spur, die ihn direkt in die für Blackbriar zuständige CIA Deep Cover, das Anti-Terrorism Bureau, in New York führt.
Bourne bricht in New York in Vosens Büro ein und stiehlt dort entscheidende streng geheime Unterlagen über die Killerprojekte. Mit Hilfe Pamela Landys, der mit ihm sympathisierenden CIA-Einsatzleiterin aus Teil II, findet er zu seinem früheren Ausbildungszentrum und übergibt ihr dort die Beweisunterlagen, die sie sofort weiterfaxt. Bourne trifft im Ausbildungstrakt Dr. Albert Hirsch, der für Treadstone tätig war. Der Psychologe weckt Bournes Erinnerungen daran, dass er das Training als Captain David Webb freiwillig begann, und will ihn dazu bringen, auf ihn zu schießen. Als der auf Bourne angesetzte Killer Paz eintrifft, zögert dieser auf Bourne zu schießen, weil er erst erfahren möchte, warum er kurz zuvor von ihm verschont wurde. Indessen erreicht Vosen das Ausbildungszentrum und schießt auf Bourne, während dieser aus dem zehnten Stock des Gebäudes in den East River springt. Nicky, die sich irgendwo auf der Welt versteckt, sieht eine Nachrichtensendung, in der berichtet wird, dass Kramer, der Leiter der CIA, sowie Vosen und Hirsch verhaftet wurden. Des Weiteren wird berichtet, dass von David Webb, der vermutlich verletzt in den Fluss gestürzt war, nach dreitägiger Suche keine Leiche gefunden wurde. Nicky lächelt in der Gewissheit, dass Bourne überlebt hat. In einer Rückblende ist zu sehen, wie Bourne im Fluss wieder zu sich kommt und davonschwimmt.
Quelle: WikiPedia DE
